南京爱尔眼科医院设有眼底病学科、青光眼白内障学科、屈光手术学科、斜弱视及儿童眼病学科、泪道及眼整形等学科，各科室主要由院长、副院长、科室主任领军负责。致力于将南京爱尔眼科医院打造成融医疗、科学、教研、防盲治盲、公益为一体的学院型专科医院