1999年经广东省机构编制委员会批准在广东省微生物研究所的基础上加挂成立广东省微生物分析检测中心，并于当年通过计量认证CMA，具有独立法人地位和第三方实验室地位。2004年通过中国实验室国家认可委员会CNAL认可，检测数据可获得国际互认，成为可为社会提供用于贸易出证、产品质量评价、成果鉴定的公证数据的合法检测机构，具有法律效力。