重庆住房公积金管理中心于2002年10月经重庆市人民政府批准成立，与重庆市住房资金管理中心实行一套班子两个牌子的管理模式，机构规格为副局级，是隶属于市国土房管局的自收自支事业单位。公积金中心设有办公室、人事教育处、综合计划处、财务管理处、审计稽核处、政策法规处、信贷管理处、贷款审核处、信息管理处九个处室，以及铁路分中心、30个远郊区县分中心和5个主城内办事处。